Le commerce du pétrole "réel" ne se déroule en règle générale pas aux bourses mais directement entre les fournisseurs et les acquéreurs. Malgré tout, les prix sur le marché du pétrole "réel" sont intimement liés aux prix cotés en bourse.

Les principales formes de commerce sont les transactions à terme et spot. Une grande partie du négoce de pétrole s’effectue par le biais de contrats de livraison à long terme sous forme de transactions à terme. Le marché spot s’adresse aux acteurs du marché qui veulent acheter ou vendre du pétrole à court terme.

Pour des raisons de logistique, les transactions spot sont exécutées dans les grands ports. Rotterdam, New York, Houston ou Singapour se sont établi en tant qu’importantes plaques tournantes du commerce international du pétrole. La plupart des produits pétroliers destinés au marché suisse sont achetés sur le marché spot de Rotterdam.

Contrairement aux bourses, où le pétrole est négocié de manière virtuelle, le commerce du pétrole "réel" implique des coûts additionnels de transport et autres. Le vendeur prend en charge le transport de la région d’extraction à un marché comme celui de Rotterdam. Ces frais sont compris dans le prix de marché spot. On nomme cette base de prix "fob" (free on board).

D’autres coûts s’accumulent jusqu’à ce que les produits pétroliers parviennent aux clients finaux. Environ les deux tiers des besoins suisses sont importés sous forme de produits finis, qui arrivent pour la plupart à Bâle par le Rhin. Le calcul des prix de l’industrie pétrolière suisse se fonde donc sur les cotations du marché spot de Rotterdam. Comme celles-ci s’effectuent en dollars, les fluctuations de cours se répercutent directement sur le prix.

Par ailleurs, l’Etat perçoit des taxes: impôt sur les huiles minérales, taxe à l’importation, taxe sur la valeur ajoutée et taxes d’incitation ponctuelles, par exemple pour les produits pétroliers présentant une certaine teneur en soufre. Les prix de vente finaux dans une certaine région dépendent aussi toujours de la situation concurrentielle locale. En raison de la densité du réseau de stations-service, la concurrence en Suisse est rude. Les marges du commerce des huiles minérales sont relativement faibles par rapport à d’autres secteurs.